El programa de maestría consta de cinco cursos: "Biología", "Bioquímica y Biología Molecular", "Applied Biosciences", "La agricultura y horticultura", y "Agricultural & Environmental Engineering".

Las cinco escuelas de posgrado se reorganizaron en el año académico 2014 con el fin de establecer la nueva Escuela de Posgrado en Agricultura (que comprende seis cursos). Los objetivos de la Escuela de Graduados en Agricultura son mejorar el carácter especializado de la educación de la facultad; resolver problemas nacionales e internacionales relacionados con la alimentación, el medio ambiente, los recursos y la vida; y contribuir a la creación de una sociedad productiva y sostenible que exista en armonía con el medio natural. También tiene como objetivo desarrollar técnicos e investigadores profesionales de muchos países diferentes que posean un conocimiento sofisticado en el campo de la agricultura y la capacidad de poner esta experiencia en práctica.

Al proporcionar una base especializada en matemáticas, física e informática, esta división busca desarrollar profesionales con experiencia de alto nivel capaces de trabajar en diversos campos en una sociedad altamente basada en la información e investigadores con una base fundamental en áreas interdisciplinarias de investigación. Obtener un título de esta división requiere estar inscrito en el programa durante la cantidad prescrita de años, obtener la cantidad prescrita de créditos y adquirir los conocimientos y habilidades a continuación de acuerdo con los objetivos de desarrollo personal de la división, seguido de un examen de tesis y aprobar un examen final. Los estudiantes que completen el programa de esta división recibirán una Maestría en Ciencias.

La Escuela de Graduados en Agricultura se centra en la formación de personas talentosas que puedan adaptarse a las demandas de un entorno que cambia rápidamente y contribuir ampliamente a la sociedad. Sobre la base de la amplia base del programa de pregrado de la facultad, la Escuela de Graduados reorganizó sus programas de educación en una estructura sistemática que abarca las amplias áreas de agricultura subtropical y comenzó a ofrecer un curso integrado en Agricultura Subtropical a partir de 2011. El objetivo de esta reorganización es desarrollar habilidades profesionales en los estudiantes para el desarrollo de investigadores e ingenieros de alta calidad capaces de investigar creativamente sobre bioproducción estable y usos sostenibles de biomateriales, además de consolidar el conocimiento de los estudiantes sobre agricultura y perfeccionar su capacidad para resolver problemas agrícolas que enfrentan regiones subtropicales como Okinawa. El plan de estudios de la Escuela de Graduados consiste en cursos sistemáticos de materias educativas básicas, materias especializadas y materias expansivas aplicadas. Las materias de educación básica promueven el conocimiento avanzado necesario para el pensamiento flexible y la comprensión profunda, mientras que las materias especializadas y expansivas que abarcan cuatro cursos especializados fomentan la capacidad de resolución de problemas para la resolución de los problemas agrícolas que enfrenta la región. Además de los programas de educación experiencial que se centran en la educación y la investigación sobre la alimentación, la agricultura, el medio ambiente y los recursos, mientras se desarrollan conocimientos especializados avanzados y tecnología crucial para el desarrollo de las regiones tropicales y subtropicales en Asia y el Pacífico, la Escuela de Graduados también ofrece otros -programas educativos de rango que doten a los estudiantes de los conocimientos suficientes para desempeñarse en puestos profesionales y de alta especialización.

En esta era de explosión mundial de la población, cambio climático, destrucción del medio ambiente y diversidad de especies, todas ellas estrechamente relacionadas con la ciencia y la tecnología agrícolas, este programa se ha establecido para fomentar que los líderes mundiales contribuyan a la bioindustria en armonía con El medio ambiente, utilizando efectivamente las características regionales del área de Shikoku como un campo de investigación académica.